Durante un viaggio in mare, Link si trova coinvolto in una tempesta, subisce un naufragio e viene trascinato sulla spiaggia dell'isola Cocolint. Per tornare a casa, deve affrontare dungeon impegnativi e sconfiggere mostri spaventosi. La nuova versione del classico videogioco riprende molti elementi che già rendevano il titolo per Game Boy inconfondibile, come le stanze in stile platform 2D e le apparizioni di personaggi che in realtà non appartengono alla serie The Legend of Zelda.